树姿较开张，小枝多针刺，嫩梢常呈紫红色。叶柄短，翼叶不明显。花白色带紫，略有香味，单生或3～6朵成总状花序。柑果黄色有光泽，椭圆形或倒卵形，顶部有乳头状突起，油胞大而明显凹入，皮不易剥离，味酸，瓤瓣8～12，不易分离。种子卵圆形，多为单胚。栽培品种有数十个，主要有尤力加、里斯本等。
柠檬不经修剪的植株可高达3至6米。幼叶带明显的红色，以后渐变绿。有些品种的幼枝具有棱；有的品种叶腋间有尖刺。花大，芳香，单生或成簇腋生；花蕾带红色，花瓣上部白色，下部红紫色,可制饮料,并含维生素P,还可提取柠檬油。果实卵圆形，顶端有一个宽而矮的乳头状突起；8至10瓣；成熟时黄色。有些品种外果皮较厚，中果皮白色，海绵状，基本无味道，是商业果胶的主要来源。种子小，卵球形，端尖；偶有无籽的。